元朝末年，朱元璋在红巾军的帮助下崛起。势力壮大后，他在应天府（今南京）建都，当时朱元璋并没有立即北伐，而是先西征湖北、湖南、江西的陈友谅，东征苏南、浙江北部的张士诚。经过多年的远征，才开始北伐的。朱元璋政权并没有因为北伐的不合时宜而失败，而是建立了一个强大的明朝。
《朱元璋》
朱元璋在南京称帝时所面临的情况与上述情况大不相同。红巾军在黄河流域起事，北方陷入混乱。不同规模的汉族军队相继崛起，许多军阀在不同的地方变得强大起来。元朝的地方政权，从省到县，都丧失了。只有在北京周边的一个很小的地区，还剩下元氏宗族的人，他们不能出京城，而且对全国没有号召力。
《明军北伐》
朱元璋投奔郭子兴成为江淮地区红巾军的首领。朱元璋在南京建都后，对形势作了清醒的估计：对他霸权的真正威胁不是元朝政府，而是陈友兰、张士诚占领的南京一带的一方。南京当时处于腹背受敌的状况，面临上下游军事威胁。如果不解决陈、张两大军事集团，更别说北伐元军了，连他们自己的生存，更别说扩大他们的实力和管辖权？因此，对朱元璋来说，远在北京的元政权不足为虑，而陈、张才是最大的隐患。
《朱元璋北伐战略图》
至于如何对付陈友谅和张士诚，更重要的是慎重考虑。朱元璋认为，必须先处理陈友谅的"浮躁本性和好生事"；然后再对付张士诚的"器小易盈"，满足于分裂主义的现状，不妨放慢脚步。朱元璋的结论是，在对陈友谅的用兵时，张士诚则多办按兵不动，所以不会陷入两面受敌的威胁。正如朱元璋所料，明军在试图对付陈友谅时，张士诚则一直保持沉默、按兵不动。朱元璋灭陈后迅速东移，张士诚倒下。
灭掉陈、张后，朱元璋便派徐达率军北伐，对元朝残存的势力进行打击，没有遇到强大的抵抗。最后，朱元璋统治了天下。
《太平军》
而太平军从广西起事后，占领武汉，向东进发。它虽途经广西、广东、湖南、湖北、江西、安徽、江苏等7省，都但先占先弃，从未安排部队驻军。直到建都南京时，太平军势力才苏、皖、赣三省的部分地区，而北方各省和南方大部分省份都在清朝中央政府的有效控制之下，全国的外交权力也在清朝中央政府的控制之下。此外，面对财政困境，清政府仍然恪守康熙"永不加税"的遗言，并没有从过度征收土地税入手。取而代之的是，它主要采用雷以缄的建议，收取商人的帮助费，扩大富人捐款官员的力量，初步解决了这一特殊时期的财政困难。因此，尽管太平军抗战期间军费开支大幅增加，但对清政府在全国财政上的有效控制并没有产生巨大影响。
事实上，曾系湘军的崛起几乎与太平军在苏、皖、赣三省的崛起同时发生，而左系湘军和李系淮军的形成则较晚。且不论英、法、美等外国军人在中国组织的洋枪队，曾、左两系湘军和李系淮军在吸引力和军事实力上，都不是太平军的对手。
太平军在南京建都几年后，就派李开芳、林凤祥率军北伐，并将直接抵达天津城下。也就是说，如果太平军在攻入天津后继续全面北伐，攻占北京并非不可能。在太平军进京的威胁下，曾系湘军必然在北方"勤王"，远离根据地曾系湘军，处于北方不利地位，在北方同太平军较量并没有优势。此外，在京城周边使用军队也难免有清代宗室的猜忌。有许多因素阻碍它。这很难预测。曾国藩根本不可能坐大，更别说左、李了。就这样，太平军的胜败，还是说不清。
但太平天国领袖洪秀全在南京建都后，沉溺于酒色，加速腐败，内乱频发，才导致太平天国灭亡，这在历史上是不可避免的。