大家都知道，明成祖朱棣是通过"靖难之役"夺了侄子朱允炆的皇位。朱棣起兵南下之前，谋士姚广孝跟朱棣说："城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。"意思是说，南京城攻下后，方孝孺一定不会投降。姚广孝希望朱棣能放过方孝孺，如果杀了他，那么天下的读书种子就灭绝了。
朱棣答应了姚广孝的请求，尽管当时建文讨伐朱棣的诏书檄文大都出自方孝孺之手，可他依旧认为方孝孺是一个值得尊敬的文人。事实上，方孝孺在后世也受到了极高的评价，汤显祖称赞他"天地正气"；黄宗羲说他"有明诸儒之首"。
可谁也没想到，方孝孺的结局令人瞠目结舌。建文四年（1402年）六月，朱棣率领大军兵临城下，随即谷王朱橞与曹国公李景隆打开内城门，南京陷落。就在此时，皇宫内燃起了大火，建文帝在大火中不知所踪。建文帝是找不到了，他的旧臣要不投降，要不被杀。
燕军进入南京后，方孝孺闭门不出。当朱棣平定南京城内混乱局面后，着人去邀请方孝孺来见面。谁曾想方孝孺大门紧闭，任凭来人如何敲门，就是不开门。无奈之下，朱棣只得命人将方孝孺押到面前，而方孝孺在众目睽睽之下嚎啕大哭。
不得不说，朱棣刚开始对方孝孺还是非常尊敬的，他走到方孝孺面前，他希望能安抚一下方孝孺，进而让方孝孺能为自己起草登基诏书，可方孝孺根本不买账。朱棣对方孝孺说："先生不要再难过了，我希望效仿'周公辅成王'。"方孝孺直接反问："成王（指建文帝）安在？"朱棣则回答：："彼自焚死。"
方孝孺又问："为何不册立成王之子？"朱棣说："一个国家的治理，是需要年长的君主。"方孝孺又问："那么为何不册立成王的弟弟？"朱棣有点不高兴了，"这是朕的家事，就不劳先生费心了。"回答完方孝孺的问题后，朱棣让人拿来纸笔，让他来起草登基诏书，"诏天下，非先生草不可！"
方孝孺拿笔后写下了四个字，"燕贼篡位。"写完后，方孝孺把笔扔到地下，又开始哭起来，死即死耳，诏不可草。"敬酒不吃吃罚酒，朱棣彻底怒了，他威胁道："汝不顾九族乎？"方孝孺则直接怼了回去，"灭十族又如何？"
于是，中国封建社会绝无仅有的株连十族开始了，就连方孝孺的朋友也未能幸免。据史书记载，因方孝孺致使800多人被凌迟处死，而流放、入狱和充军达到数千人。方孝孺也是被凌迟处死，他留下一首绝命诗：
"天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？鸣呼哀哉兮庶不我尤！"
参考资料：《明史·方孝孺传》、《明通鉴》