1639年，李自成发展壮大，在商洛山中由17人发展到数千人，同时张献忠再次反叛明朝，明朝主力围剿张献忠，此时李自成抓住机会，开仓放粮，提出均田免赋的口号，收留饥民，部队迅速发展到数万人。实际大部分都是未经训练的饥民组成的杂牌军，战斗力很低。

到1643年，张献忠在武昌建立大西政权，李自成称新顺王。李自成西进，打下通关，杀了孙传庭，《明史》称：传庭死而明亡矣。

1644年，李自成在西安称帝，建立大顺，与崇祯皇帝秘密谈判，提出如果封李自成为王，李自成愿意为明朝效力，抵抗辽东的清朝，但是崇祯皇帝顽固不化，谈判破灭。李自成率兵入北京，崇祯自缢。

1645年，李自成的杂牌军很快就被清军打败，清军入关，占领大片地区。李自成最终兵败被杀。

1647年，南明小朝廷被清朝节节逼退到西南地区，此时大势已经是清朝的天下。

1648年，各地爆发抗清斗争，南明政权的地盘得以扩大。

好景不长，在清军的围剿下，南明政权势力逐渐缩小，南明内部还出现内讧，朱由榔被杀，标志南明灭亡。