2020年11月25日，马拉多纳在位于阿根廷布宜诺斯艾利斯省蒂格雷的住所突然离世，终年60岁。阿根廷警方和检察机构公布的尸检结果显示，马拉多纳死于心力衰竭，属于自然死亡。

但马拉多纳的亲属认为，马拉多纳当年11月3日做完脑部手术后健康状况恶化，他的私人医生应承担责任。2021年，阿根廷检察官召集了一个由20名医学专家组成的小组对马拉多纳死亡事件进行调查并得出结论，认为对马拉多纳的治疗充满了"缺陷和违规行为"。阿根廷司法部任命的医疗委员会认为，在马拉多纳死前12小时，他本人在严重的痛苦中挣扎，但并未获得有效且足够的治疗手段。一份报告称，如果能送到医院救治，马拉多纳本可能活下来。

2025年3月11日，阿根廷一家法院开庭审理马拉多纳死亡案件，其私人医护团队中的7名成员因在治疗过程中的不当行为被控过失杀人，或将被判处8至25年监禁。检察官表示，在马拉多纳居家治疗期间，他的医疗团队是"临时拼凑的"，医疗人员没有采取必要措施来防止这场悲剧的发生。

目前，马拉多纳死亡案仍在审理中，最终判决尚未出炉，关于其真实死因还需等待法院的进一步裁决。