考虑到清朝与"伊斯兰世界"关系的特殊性，除军事、政治、经济等方面的内容外，宗教是另一个必须予以关注的领域。清朝皇帝自皇太极起就特别重视藏传佛教，并随着对蒙古各部的相继收服和对西藏的统一而形成了一整套行之有效的管理体制，使之成为维护其专制统治的驯服工具。

但清政府之所以重视黄教，并给予其特殊优待，甚至允许西藏政教合一地方政权的存在，完全是其"首重蒙古"之政治策略的组成部分，并且是以西藏纳入清帝国版图、藏传佛教的教权完全臣服于清帝的皇权为前提的。

以与伊斯兰教同属西方一神教体系的基督教为例，康熙、雍正两朝与俄罗斯交往频繁，却始终在种种叙述中将东正教与佛教相混淆;传教士南怀仁效力清政府数十年劳苦功高，逝世后清圣祖亲撰碑文纪念，却对其本职所系之天主教不置一词，为天主堂题写对联、诗词，却将天主教义与儒家天道混为一谈。

这固然与外国传教人员为免于排挤和歧视有意粉饰有关，但归根到底还是由于清政府没有意识到西方一神教的本质。若称清朝为大一统政权，则近代以前的西方一神教实为大一统宗教，这两者天然绝不相容。

而正是由于不了解导致的轻视，才使得清政府能够对其暂时容忍，甚至出于维持社会各群体的不同风俗习惯以便遂行分而治之策略的政治目的而加以保护。

从康熙朝礼仪之争导致清政府禁止基督教在国内的传教活动可以看出，一旦清朝统治者对西方一神教的教义思想及其宗教组织的来源与本质有所深入了解，认识到其超出了儒家传统文化的解释范围，不可能纳入中国的大一统政治秩序之下，就绝不会继续对其实行宽容政策。

综上所述，清初诸帝所表现出来的对伊斯兰教的宽容，不可能是建立在理解和宽容的基础上，而只会是由于无知所导致的轻蔑。与惯于走"上层路线"的罗马教廷不同的是，尽管据说帖木儿帝国的沙哈鲁汗曾致信明成祖朱棣劝说其饭依伊斯兰教，但总的来看，"伊斯兰世界"更多的凭借其与中原相对便利的交通以及在民间相对深厚的群众基础潜移默化地进行渗透。

乾隆初年，随着清朝与准噶尔部之间实现了和平，中原与中亚的交通较之以往更加顺畅，很多西北省份的回民教士怀着各种目的前往中亚、西亚拜师求学，归来后便通过宣传其学说的正统性和纯洁性吸引信徒、扩大势力。

自乾隆四十六年至道光末年，清政府一直对哲合忍耶门宦保持高压态势，同时因统一回疆所导致的国内伊斯兰教情况的进一步复杂化而特别注意到防止"汉回"与"缠回"的串联。

然而清政府终究是低估了西方一神教的威力，太平天国运动发生后，随着清政府控制力的下降，压抑已久的以哲合忍耶派为代表的中国穆斯林的不满和仇恨如火山般喷发出来，以滔天血海席卷西北诸省，并与有着共同信仰的回疆反清势力和来自浩罕的侵略者联合起来，几乎摧毁了清朝在西域的统治。