日本政府下属的自然科学研究所"梨花学研究所"提出了与现有的定论不同的研究结果，即:现在的日本人是土著阿伊努人和从朝鲜半岛过来的人混合在一起形成的。据分析，包括在中国生活的古代汉人在内，共有3个系统的集团是日本人的祖先。

据《日本经济新闻》等媒体18日报道，包括德拉奥奇卡西博士在内的该化学研究所研究组前一天在美国科学杂志《科学前沿》上刊登了通过3000多名日本人基因组（遗传体）资料揭示日本人起源的研究结果。

研究人员在报告中指出，现在的日本人只能说是起源于三个系统的群体，才能解释日本人的各种基因排列。这三个系统是日本原住民，主要分布在冲绳的阿伊努人和生活在黄河周边的古代朝鲜人的"关西系"、被推测为包括朝鲜半岛来人等在内的多种系统混合在一起的"东北系"等。

此前，学界一直认为双重结构模式是定论，阿伊努人和从朝鲜半岛过来的人"野人"混合在一起，组成了现在的日本人。但最近通过对遗址中发现的古代尸体的DNA分析，提出了其他可能性，此次研究结果甚至提出了修改现有学说的可能性。

在此次研究中，还发现了与灭绝的人类尼安德特人有关的发现。也就是说，在现在的日本人身上发现了40多个可能是由古代人类尼安德特人和丹尼索瓦人混血继承的基因排列。从丹尼索瓦人那里继承的基因排列中发现与肾脏（身高）或第2型糖尿病有关。

据悉，该化学研究所研究组为进行此次研究，利用了日本人的遗传信息数据库"BioBank Japan"，详细分析了从北海道到冲绳，在日本全国7个地区收集的共3256人份的遗传信息。