1862年(同治元年)，在陕西的回民趁太平天国和捻军进入陕西的机会发动叛乱。其初期的主要首领有赫明堂、马生彦、马振和、白彦虎等。同时在宁夏也爆发了大面积的回民暴动，其主要首领有马兆元和马化龙。由于捻军、回军以及当地汉族起义军的活动，陕甘局势几近糜烂，而总督杨岳斌不能有效控制局势。这种情况下，清廷于1866年9月谕令左宗棠前赴陕甘。 万里长城最西端的嘉峪关关城，中国甘肃省，1875年。
1867年(同治六年)，左宗棠以钦差大臣身份督统军队(陕甘总督由穆图善署理)，屡次击败捻军，但因回乱牵制、捻军机动灵活等因素而难以彻底取胜;延川、绥德还多次被回民军攻破。 是年末，捻军由陕入晋，继而入河南、直隶，京师震动。左宗棠与李鸿章、李鹤年、官文皆受革职处分。左率军追击，并且建言献策，最终于1868年(同治七年)协助李鸿章剿灭了西捻军。左宗棠在入京觐见时指出平定陕甘仍需五年时间。
左宗棠，中国甘肃兰州，拍摄于1875年。
湘军营房，于1875年拍摄于甘肃。
照片中八名在河上划着炮船的士兵
高举旗帜列队的湘军士兵和四门大炮
三轮木车上的清朝火炮
四轮车牵引的清朝火炮
1873年(同治十二年)，西宁回民军首领马桂源投降，被押往兰 州并处死。随后左宗棠集合徐占彪、宋庆、金顺、刘锦棠等部大举围攻肃州，其后还亲往肃州督战。随着肃州克复，陕甘回变告终。 兰州北面城墙边立于黄河上的水车
清末甘肃省永昌镇，1875年
清末甘肃兰州城西门，拍摄于1875年。清朝康熙五年（1666年）陕甘分治，设甘肃行省，省会由巩昌（今陇西）迁至兰州。从此，兰州一直为甘肃的政治中心。清朝乾隆二十九年（1764年）陕甘总督衙门自西安移至兰州，裁减甘肃巡抚。自此兰州成为西北政治、军事重镇，用以"节制三秦"、"怀柔西域"。
1871年(同治十年)，肃清后方后，左宗棠进攻甘肃河州，当地回民军领袖马占鳌顽强抵抗，清军屡屡受挫，但始终坚持作战。在左军的强大压力下，马占鳌于1872年(同治十一年)投降，所部被左宗棠编入清军。回民军的主力至此已经被消灭。 有城垛的汉中府城墙，右侧有一座了望塔，中国陕西省。