一，奴儿干都司
明朝建立后，公元1375年（明洪武八年），在东北地区南部设置辽东都指挥司使。1395年（明洪武二十八年），明总兵官周兴等进军到脑温江（今嫩江）、忽刺温河（今呼兰河）和斡朵怜（今依兰县城西马大屯）一带，海运漕粮派官招抚，始建卫所制，设指挥使和千户。1409年（明永乐七年），明廷决定，升奴儿干卫为奴儿干都指挥使司，简称"奴儿干都司"，驻奴儿干城（今黑龙江下游黑龙江与亨滚河汇合处右岸的特林地方，即元朝征东元帅府的故地）。奴儿干都司为地方最高一级的军政合一建制，直隶于明朝中央政府。
关西七卫:洪武初年相继内附，设有安定、曲先、阿端、罕东、赤斤蒙古、沙州、哈密七卫，史称"关西七卫"；其后哈密卫沦陷，以安定、曲先、阿端、罕东、赤斤蒙古、沙州、罕东左卫为"关西七卫"。
哈密卫：元为哈密力。永乐二年(1404)内附，嘉靖八年(1529)明廷正式放弃哈密。
安定卫：元为撒里部畏兀儿。洪武七年(1374)内附，正德七年(1512)废。
阿端卫：元属撒里部畏兀儿。洪武七年(1374)分设阿端部，洪武八年(1375)置阿端卫，正统年间废。
曲先卫：元为曲先答林元帅府。洪武初年内附，正德七年(1512)为蒙古占据，废。
赤斤蒙古卫：元属沙州路。洪武十三年(1380)属明朝，寻复为蒙古占据，永乐二年(1404)置赤斤蒙古千户所于赤斤站，八年(1410)升置赤斤蒙古卫；正德八年(1513)废。
沙州卫：元为沙州路治。永乐二年(1404)蒙古一部内附，正统十一年(1446)废。
罕东卫：元为罕东。洪武二十五年(1392)之后内附，洪武三十年(1397)置罕东卫，正德年间废。
罕东左卫：成化十五年(1479)析罕东卫置罕东左卫于故沙州城，嘉靖七年(1528)废。
三，乌思藏都指挥使司
乌思藏都指挥使司，简称"乌思藏都司"，是中国明朝对今西藏自治区除昌都地区以外的大部分地区以及锡金、不丹的最高军政管辖机构。
洪武五年(1372)乌思藏内附，六年(1373)置乌思藏卫（今拉萨），属西安行都司；七年(1374)改置乌思藏都指挥使司，治所乌思藏。明朝政府还采取"僧官制度"，封喇嘛教僧人为卫所的指挥使、同知、通判等官。最高僧官为法王，任乌思藏都指挥使，世袭。西藏地区与明朝中央政府是隶属关系。
明成祖永乐五年（1407年）设置交趾承宣布政使司，属于明朝地方一级行政机构，布政使司下设十五府、三十六州、一百八十余县。1428年交趾承宣布政使司被废弃，被废弃原因是因为明朝派到交趾的官员中虽有深得交趾民心的好官，但更多的明朝官员比如宦官马骐、三寿等在当地作威作福，盘剥交趾老百姓，导致交趾民怨沸腾，叛乱不断，让明朝政府觉得交趾是个大累赘，因此明宣宗于宣德三年（1428年）正式废除交趾承宣布政使司，让交趾独立。
当年明成祖朱棣"郡县安南"的决定是经过深思熟虑的，有着更深层次的战略考量，那就是实现明朝在中南半岛的军事存在，与郑和船队遥相呼应，从陆路和海路共同巩固西洋朝贡体系。"郡县安南"之后，明朝可以更容易地控制中南半岛，近可制占城、暹罗、真腊诸国，远可控满刺加及半岛附近的苏门答刺、旧港、瓜哇、泞泥等国。明成祖曾说:"安南黎贼悉己就擒，南海之地廓然肃洁。"正道出"郡县安南"最直接的影响。明宣宗放弃交趾后，极大的损害了明朝在东南亚地区的威信，也使明朝中央政府对西南土司的威信打击重大。宣德"弃置交趾"所造成的消极影响是长期的和致命的，这一事件沉重地打击了明朝在西洋地区的国际声望，动摇了明朝的宗主国地位，并引发一系列地缘地震，导致外番多不来朝贡，再加上之后停止水师下西洋，使明朝在南海地区的军事存在消失，进一步导致明朝在东南亚的朝贡体系松散与瓦解。
五，云南等处承宣布政使司
明朝洪武年间，在云南承宣布政使司下除了正式府州，还设有南甸、干崖、麓川平缅三个宣抚司，及木邦、孟养、缅甸、八百大甸、车里、老挝六个宣慰司。永乐年间又设有底兀剌、大古刺、底马撒三个宣慰司。后来，大古喇、底马撒和底兀剌三个宣慰司因路途遥远，脱离了与明廷的关系，麓川平缅宣慰司故地也于正统九年(1444年)改置为陇川宣抚司，又升南甸州、干崖长官司为宣抚司，这样就形成了"三宣(宣抚司)六慰(宣慰司)"及其下辖的司(长官司等)。"三宣六慰"的长官都由当地部族或政权的首领世袭，内部自治，但经济上要承担朝廷的"征役差发"和"贡赋"，土兵(地方军队)要接受朝廷或上级的调遣。因地理位置的不同，这些土司又分为江内和沿边江外两种，明朝对它们的统治方式和控制程度虽不相同，但它们都是明朝疆域的一部分。
嘉靖六年（1527），孟养宣慰司宣慰使思伦联合孟密、木邦力量，攻陷缅甸宣慰司，杀宣慰使莽纪岁，莽纪岁之子莽瑞体逃至下缅甸的底兀剌宣慰司（即洞吾），被当地土司"养为己子"。1531年莽瑞体在底兀剌建东吁王朝，后一路北侵，至1607年大明仅剩三宣六慰中的三宣和六慰中的车里慰。
六，旧港宣慰司
旧港宣慰司为大明行政建置，是大明一部分。政府驻地位于今印度尼西亚苏门答腊巨港，是大明当时驻西洋（永乐年间的称谓）最高行政机构，也是当时明朝领土最南端，首任旧港宣慰使为施进卿。由于明帝国废弃交趾以及不在派水师下西洋，明朝对海外各国的威慑力消失，1440年满者伯夷向大明露出獠牙，吞并了大明的旧港宣慰司。
