朱元璋幼时贫穷，曾为地主放牛，1344年（元至正四年），入皇觉寺，25岁时参加郭子兴领导的红巾军反抗元朝，1356年（至正十六年）被部下诸将奉为吴国公。同年，攻占集庆路，将其改为应天府。1368年（至正二十八年）朱元璋击破各路农民起义军后，在应天府称帝，国号大明，年号洪武。
洪武元年（1368年）七月，朱元璋的各路大军沿运河直达天津，二十七日进占通州。八月，明军进逼北京，元顺帝带领三宫后妃、皇太子等开健德门逃出大都，经居庸关逃奔上都，元朝贵族大部分都弃城而走，全部逃往蒙古草原。其余库库帖木尔、李思齐等手握重兵勇于内战的军阀，在明军攻来时，全部逃跑。
蒙古在中原98年的统治结束，明朝取得了在长城以内地区的统治权，中国再次回归到汉族建立的王朝的统治之下，同时丢失四百年的燕云十六州也被收回。朱元璋的明军结束了蒙元在中原的统治，平定四川、广西、甘肃、云南等地，最终统一中国。
朱元璋在位期间，下令农民归耕，奖励垦荒，大搞移民屯田和军屯，组织各地农民兴修水利，大力提倡种植桑、麻、棉等经济作物和果木作物、他还徒富民，抑豪强，下令解放奴婢等等。经过洪武时期的努力，社会生产逐渐恢复和发展了，史称洪武之治。
1380年（洪武十三年），朱元璋废丞相，设承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司三司分掌权力，进一步的加强了中央集权。1398年（洪武三十一年），朱元璋病逝于应天，享年71岁，庙号太祖，谥号开天行道肇纪立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝，葬南京明孝陵。
明孝陵位于江苏省南京市玄武区紫金山南麓独龙阜玩珠峰下，东毗中山陵，南临梅花山，位于钟山风景名胜区内，是明太祖朱元璋与其皇后的合葬陵墓。因皇后马氏谥号"孝慈高皇后"，又因奉行孝治天下，故名"孝陵"。其占地面积达170余万平方米，是中国规模最大的帝王陵寝之一。
经过勘探，明孝陵所在的独龙阜原本是一座坚固的石头山。有些皇陵是从上往下扒开一个深穴，建好后再封起来，但明孝陵却是横向凿入山体，从内部掏空建玄宫，这种横穴式的方法虽然工程浩大，但十分坚固，在没有炸药的情况下，古代盗墓贼从顶部向下打盗洞根本行不通。
横穴式设计使墓道成为盗墓贼的唯一通道。为了隐藏好墓道，修建明孝陵的工匠也是费尽心机。通过精密磁测，考古人员探测到，墓道并不是人们想象中在正中间，而是偏在一边，这种反常规的设计让许多盗墓贼无功而返。
但是经过专家们对史料和孝陵的考察发现，朱元璋或许并没有葬在孝陵，那里只是他的疑冢，真正的朱元璋墓只有朱允炆一人知晓。据说在朱元璋临死之际，把朱允炆叫到了跟前，嘱咐了他一件重大的秘密。这就是朱元璋的身后之事，他在临死时给世人留下了一个千古的谜题。
他让朱允炆在他死后七天就出殡，不用等其他在外就番的诸王。当时由于时间很短，朱元璋的其他儿子都在外地就番，根本来不及回京祭拜。而且在送葬的当天，南京城的十三个城门都有出殡的仪仗队，阵容也是完全相同，让人难分真伪，世人和众大臣也都不知道究竟那一支队伍才是朱元璋真正的送葬队伍，让人也不清楚朱元璋究竟葬在了哪里。
对于朱元璋的埋葬之地，世人提出了猜测：朱元璋没有葬在明孝陵地宫里，而是葬在了南京的朝天宫，也就是南京的万岁山，玄武湖附近也是重点怀疑位置，更是有人说朱元璋是魂归故里了。朱元璋这位伟大的布衣皇帝真正的埋葬地至今无人能够确定，他临死时还给世人设计了这么一个重大的阴谋，数百年过去了，至今无人能够破解这个秘密，这或许就是朱元璋的聪明之处吧，避免了陵墓被盗，在另一个世界得到了安宁的生活。