曾在731部队动力班当过劳工的人证实，几乎每星期六下午都会有囚车开来，把抓获的犯人押进“兵营”(当时中国人称呼四方楼的大院为“兵营”。这些被抓来的人都押在“方型楼”中间的特设牢房里。秘密监狱是两座白色的两层小楼，分七栋、八栋。七栋位于主楼东侧的广场上，八栋在主楼西侧空场。被抓进的人男女都分别被监押，有时可以监押百余人。这两座监狱通过地下道和解剖室、各试验室、焚尸炉相连接。
监狱的防卫是保密的，四周借用三屋楼墙壁圈围着，只有和主楼连接处有一铁制的便门，设有武装岗哨。只要把住这个铁门，在押的人是无法逃脱的。平顶楼房的南端和北端是两处五层楼高的制高点，设有监视哨，在押的人一切活动都会看得一清三楚。
据川岛清在远东军事法庭上供认：“第731部队中，每年因受实验而死去的大约至少有600人，从1940-1945年，通过这杀人工厂，因染受致命菌而被消灭的，至少有3000人。伪满陆军宪兵队日本顾问立花武夫供称：“我管辖下的宪兵署特务处所审讯的一种人，必须予以消灭”，“在这些人当中，有极端仇视日本的在满洲的游击队员，我们把他们送到七三一部队加以消灭”。
石井四郎对日本宪兵队当局的“特殊输送”感到非常满意。他曾对哈尔滨宪兵署长春日芳谈话说，他相信731部队将来和过去一样，会不断得到被捕的人用于试验。在执行特殊输送过程中，有的是同一天发的两个指令，而每一个指令就会“移送”一个人。
特别指出的是，这些指令的号码是按顺序排列的，它不仅是记录了“移送”的次数，而且很大程度地反映出了被“移送”的人数。截止到1941年9月22日，被“移送”的次数己936次，那么，按此推算人数肯定在936人以上。假如从1938年算，到1945年，在这8年的时间里，如果每年按1000人计算，被“移送”的人数至少有七八千人。所以说被“特别移送”的数量是巨大的。也正是如此惊人的数量，使得川岛清不得不在伯力法庭上供称：“石井部队对于用以进行实验的人是从未感到缺乏的。”
日本投降前夕，关东军宪兵队在撤离前将有关档案大部销毁，但有很少的一部分未来得及销毁而被保留下来。1999年，黑龙江省档案馆对外公布馆藏“特别移送”档案66件；2001年，吉林省档案馆公布馆藏“特别移送”档案277件。目前，在己发现的“特别移送”档案中证实，当年被移送的人员大多来自中国。此外，还有一部分被移送人员来自苏联、蒙古、朝鲜等国。这些数据后来全部移交给了美国。