14世纪时，瓦剌、鞑靼、兀良哈以元皇室衰微，遂乘机扩大实力，积极参予各派系纷争。他们在明初虽已归附明朝，但实际上却是活跃于明朝和东、西蒙古间的一支重要政治力量。
鞑靼部居住在今贝加尔湖以南和蒙古人民共和国的大部分地区；瓦剌部居住在今蒙古人民共和国西部和准噶尔盆地一带；兀良哈部聚居在今老哈河（在内蒙古）和辽河流域一带。
瓦剌（卫拉特部）分为杜尔伯特、准噶尔（绰罗斯、厄鲁特）、土尔扈特、和硕特四部（见厄鲁特蒙古）。
瓦剌蒙古原居大漠西北，在东部鞑靼遭到明军重创并归顺后，瓦剌（卫拉特部）迅速兴起并开始东进。
明初对鞑靼用兵，明成祖朱棣即皇帝位后，即派使臣告谕瓦剌部（卫拉特部）。
洪武元年（1368）元顺帝妥欢贴睦尔弃大都北逃，两年后死于应昌（今内蒙古克什克腾旗达里诺尔西），子爱猷识理达腊继位，退到漠北，仍用大蒙古--大元国号。由于明朝的多次进攻和蒙古贵族内部的激烈斗争，其势力逐渐削弱，元顺帝后裔虽然仍被奉为正统，但汗权衰微，权臣势盛，爱猷识理达腊以后的四代大汗（脱古思帖木儿至坤帖木儿）都在内争中被杀。
1399年，分布在叶尼塞河上游沿岸的乞儿吉斯部首领贵力赤，否认了最后一任残元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的残元政权灭亡了。
从始明朝统称蒙古中部和东部地区的各部族为鞑靼。
至始蒙古正处于鞑靼和瓦剌争霸时期（1399~1412年）。
1408年贵族鬼力赤篡夺了汗位，因非汗裔，部众不服，其部将阿苏特部的阿鲁台杀之（阿苏特部是蒙古化了的伊朗人），另立汗裔坤帖木儿弟残元末代皇帝额勒伯克之子本雅失里复辟为汗（即蒙文史书上的额勒锥特穆耳汗），阿鲁台自任太师，专擅朝政。
其后，阿鲁台与雄踞蒙古西部的瓦剌部（卫拉特部）贵族首领马哈木攻战不已，各自拥立北元汗裔为傀儡可汗；卫拉特部是森林蒙古人中的一个强大的部落，在成吉思汗时代被称为"林木中百姓"，定居在贝加尔湖西岸。
永乐六年（1408）瓦剌（卫拉特部）贵族首领马哈木等遣使向明朝贡马请封。
从始明朝为了区分蒙古中东部和西部的势力，称卫拉特部及其统治的地区为瓦剌
永乐七年，其首领马哈木、太平、把秃孛罗分受明封为顺宁王、贤义王、安乐王。三王中马哈木势力最强。为争夺蒙古，瓦剌（卫拉特部）与鞑靼各部频繁争战，势力各有消长。
明朝则利用双方矛盾，先封瓦剌首领马哈木等三人为王，继亦封鞑靼太师阿鲁台为王，使其相互抗衡。
瓦剌（卫拉特部）马哈木和儿子脱欢统一瓦剌各部后另立汗裔脱脱不花为汗（即蒙文史书上的岱总汗），出兵攻打阿鲁台及其所立之阿岱汗本雅失里。
永乐八年，永乐皇帝下旨要鞑靼本雅失里作出臣属，本雅失里不从。明成祖北征。鞑靼阿鲁台及其所立之阿岱汗本雅失里被南北夹击，
永乐十年，瓦剌（卫拉特部）占领蒙古中部地区，鞑靼的本雅失里和阿鲁台退居蒙古草原东南部。
至此，蒙古真正进入瓦剌统治时期（1412年~1455年）
虽然此时脱脱不花名为大汗，但事实上瓦剌（卫拉特部）首领马哈木才真正成为蒙古帝国的大汗了。马哈木毫不犹豫地与明朝皇帝断交，南下攻明。
永乐十二年，明成祖北征瓦剌，直至土剌河（今蒙古人民共和国境内的图拉河）。
翌年，瓦剌（卫拉特部）首领马哈木的抵抗使明朝军队遭到严重损失，但为了保存实力，贡马谢罪。
不久马哈木死，传子脱欢。
（1433~1452），瓦剌（卫拉特部）脱欢之子也先自任命为太师，仍奉汗裔脱脱不花为大汗。瓦剌（卫拉特部）蒙古控制了整个蒙古地区，其势力西至中亚、东达朝鲜边境。瓦剌成为东部蒙古鞑靼和明朝共同的敌人。
宣德九年（1434），瓦剌（卫拉特部）脱欢袭杀鞑靼部的阿鲁台。
正统初又杀贤义、安乐两王，统一蒙古帝国。他立元皇室后裔脱脱不花为可汗，自为丞相。
正统四年（1439）脱欢死，脱欢子也先继嗣，称太师淮王。至此，瓦剌势力极盛。
正统十四（1449）年，瓦剌（卫拉特部）大举攻明，瓦剌蒙古在太师也先率领下进攻辽东，明英宗在太监王英怂恿下仓促出征。8月，50万大军在土木堡（河北怀来东南）被也先包围击败，英宗被俘。10月，也先挟英宗围攻京师（北京），明兵部尚书于谦力主抗战，并立英宗之弟朱祁钰为新君，组织军民死守京师。也先久攻不下，遂遣使与明朝议和，送回英宗，双方恢复通贸互市关系。这就是著名的"土木堡之变"。
此后，瓦剌（卫拉特部）首领脱欢之子也先与自己拥立的大汗脱脱不花间的矛盾加剧。也先恃强，杀脱脱不花，自己取而代之，日益骄横。
瓦剌内部出现矛盾势力分散与衰落，鞑靼逐渐占据大漠南北地区。
1453年，脱欢子也先自称"大元田盛（天圣）大可汗"，也先本非元裔，得不到蒙古贵族承认，也先以异姓贵族篡夺汗位，部下离心，纷纷背叛，不久亦在内争中被杀，瓦剌势衰，鞑靼复起。但各部异姓贵族仍争权夺利，操纵可汗，相互混战。
景泰六年（1455）也先被杀死。也先死后，瓦剌部落分散，逐渐衰落，内部事态鲜为人所知。但对外则西侵谢米列契地，并沿锡尔河洗劫了塔什干等城；向东争夺哈密，一度攻入肃州城，以求开拓东西方通道。一部分瓦剌人则向青海、甘州等地陆续转移。
也先之后约一百五十年，哈剌忽喇兴起。哈剌忽喇与马哈木、脱懽，也先祖孙一样，亦出身于绰罗斯部。约与其同时，还有和硕特部首领拜巴噶斯。二人先后为瓦剌四部盟主。此时瓦剌的分布地在额尔齐斯河左岸低洼地带，其牧场地可宜达伊赛克湖。
1455年~1480年蒙古正处于瓦剌（卫拉特部）分裂，蒙古东部各部分分独立，鞑靼势力复兴，一片混乱，汗位出现过多年空缺的进期。
1475年，永谢布部首领找到并拥立脱脱不花幼弟满都鲁为汗，在黄河河套地区驻牧。满都鲁封侄孙和继承人巴颜孟克为孛罗忽济农（副首领）。因别人挑唆，满都鲁汗派兵征讨孛罗忽济农，后被永谢布部人所害。五岁的孛罗忽济农之子巴图孟克被满都古汗的年轻遗孀满都海赛音携归抚养，侥幸存活下来。这个巴图孟克是何许人？他是成吉思汗家族忽必烈世系中惟一幸存的男孩儿，在此后的蒙古史中，他将扮演重要角色。满都海赛音可教作为女人率领军队打败了瓦剌（卫拉特部）人，将他们彻底赶出了蒙古中东部地区。为达延汗日后的统治奠定了基础。
1480年至1634年蒙古进入鞑靼时期。
1480年（一说1470）把巴图孟克（另释'秃猛可'明人所称第二个"小王子"）即位，号达延汗（即"大元可汗"），史称他"贤智卓越"。达延汗击败瓦剌，削平割据势力的反抗与叛乱，统一了鞑靼各部，分六万户以治之，自掌察哈尔、喀尔喀、乌梁海左翼三万户，而以鄂尔多斯、土默特、永谢布右翼三万户封与第三子巴尔斯博罗特，号赛音阿拉克济农（济农，明人译为吉能，当是汉语"晋王"的译音），汗权大大加强，结束了权臣专政、诸部纷争局面。
1517年至1625年蒙古进入鞑靼分裂时期。
1517年达延汗死后，鞑靼又陷于分裂。巴尔斯博罗特次子俺答汗继承土默特万户控制了右翼三万户，自称司徒汗，与大汗（达延汗的继承者，明人通称为小王子）分庭抗礼，进而吞并左翼一些部落，迫使汗庭东迁义州（今辽宁义县）边外。，
1571年，俺答大举进攻明朝后达成协议，俺答受明朝封为顺义王，恢复并发展了与明的封贡关系，土默特的中心地丰州滩"板升"被命名为归化城。他还远征瓦剌及甘、青、藏交界地区，将西藏佛教（黄帽派）传入蒙古，封其主锁南坚错为达赖喇嘛三世，达赖喇嘛之号自此始。
鞑靼大汗东迁后，在土蛮汗（即图们札萨克图汗，1558～1592年在位）时代曾一度强盛。
明末，努尔哈赤时，科尔沁部、扎鲁特部便在联姻之下归附了后金，林丹汗收服了右翼诸部，并得到漠北喀尔喀部的拥戴，力图重建统一。
1625~1634年鞑靼衰亡时期。
1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科尔沁部。后金出兵援助科尔沁，林丹汗退走。
1627年，林丹汗派兵虽收服右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，但元气大伤。
因为林丹汗东征西讨，各部也心生怨恨，为求自保，纷纷仿效科尔沁部投奔后金。
1628年，派遣贝勒阿济格与老哈河上游的喀喇沁部会盟。9月，皇太极亲率大兵至绰洛郭尔，宴会察哈尔部诸部首领。林丹汗空有大汗之名，陷入孤立，退至归化城（今呼和浩特）固守。
1632年4月，皇太极再和多尔衮会集蒙古诸部兵，共击林丹汗。林丹汗无奈自归化城驱人畜十万渡黄河西逃。
1634年死于撒里畏兀儿境内大草滩地方（今甘肃天祝藏族自治县境）。两年后，其子率十六部降清，鞑靼亡。